L’Orto Botanico dell’Università Siena è situato all’interno della cinta muraria della città dal 1856. Occupa una superficie di 2,50 ettari per lo più in forte declivio, esposta prevalentemente ad Ovest, ad un’altitudine compresa tra i 280 e i 350 m s.l.m..L’ubicazione dell’Orto permette di poter coltivare all’aria aperta specie vegetali con varie esigenze ambientali: da quelle mediterranee come sughera (Quercus suber), palma nana (Chamaerops humilis) e lentisco (Pistacia lentiscus) a
quelle montane, come faggio (Fagus sylvatica) e abete bianco (Abies alba). L’impostazione ottocentesca nell’allestimento delle aiuole, con la presenza di specie esotiche, è stata mantenuta, ma nuovi ambienti rappresentativi della Flora della Toscana meridionale, sono stati creati negli ultimi 20 anni. Inoltre sono ancora oggi conservate numerose testimonianze architettoniche (una fonte del XVI sec., la serra antica in stile liberty, ecc.), legate alla storia della città di Siena.
L’Erbario (Herbarium Universitatis Senensis) è ubicato in due locali climatizzati e rappresenta una preziosa fonte di informazioni oltre che un efficace strumento di ricerca; è articolato in diverse sezioni: Erbari monumentali, Mycotheca Universalis, Spermoteca, Xiloteca e Erbario generale, consta di oltre 100.000 essiccata tra piante vascolari, licheni, briofite, funghi e alghe. Parte del materiale è visibile nel vicino Museo di Storia Naturale.